Der dauerhafte Erfolg dieser Therapie hängt wesentlich davon ab, ob während der Behandlung alle Wurzelkanäle gefunden werden, ob sie vollständig aufbereitet und sauber abgefüllt werden können. Unbehandelte Wurzelkanäle und/oder verbliebene Mikroorganismen im Wurzelkanal können für eine chronische Entzündung ausserhalb des Zahnes (im Kieferknochen) sorgen. Solche Entzündungen sind nicht immer mit Beschwerden verbunden. Oft  merken Patienten von ihren beherdeten Zähnen nichts, dennoch können diese Entzündungen grossen Schaden im Körper anrichten.
Die Zusammenhänge zwischen chronischen Entzündungen an Zähnen und Herzerkrankungen wurden in zahlreichen wissenschaftlichen Studien belegt. Menschen mit beherdeten Zähnen haben dafür ein erhöhtes Risiko. Aus diesem Grund sollen auch symptomlose, aber beherdete Zähne behandelt werden.
Stark verkalkte oder gekrümmte Kanäle sowie Zähne mit seltenen anatomischen Strukturen/Abweichungen erfordern oft einen besonders hohen Zeitaufwand. Dank moderner Diagnostik, optischer Vergrösserung und Technik (Mikroskop, Lupenbrille, rotierende flexible Wurzelkanalinstrumente) können auch diese Zähne dauerhaft erhalten werden.
Zähne mit vorhandenen Wurzelfüllungen, die auf Röntgenbildern Beherdungen aufweisen, können mit erneuter Aufbereitung und Reinigung der Wurzelkanäle gerettet werden. Diese Revisionsbehandlungen sind meistens sehr zeitaufwendig und mühevoll, aber lohnend, weil dadurch der Zahn erhalten wird.